Fredagen den 16 juni 1911 kl. 1945 startade Carl Cederström med sin Bleriotmaskin, den första flygningen på Malmen. Året därpå återvände han och startade i juni en flygskola med fyra elever.Bildresultat för bleriot plane

Våren 1912 hade arméflyget köpt in två flygplan, monoplanet Nieuport och biplanet Bréguet. Efter basering på Axvalla i Västergötland sommaren 1912 och vinterbasering på Askrikefjärden i Stockholm fastslog Kungl. Maj:t i ett kungligt brev den 23 februari 1913, att en luftflotta skall uppsättas.

Det gällde nu att finna en plats med bra omgivande terräng, lämplig för utbildning och där hangarer och verkstäder kunde uppföras. Gösta von Porat föreslog då Malmen där Cederström, som snart skulle upphöra med sin verksamhet, redan höll till. Förslaget vann gehör och den 19 maj1913 detacherades Arméns Flygskola, eller Ing 3:s detachement som den officiella benämningen löd, till Första Livgrenadjärregementet, I 4.

På hösten 1913 övertogs Cederströms plåthangar och kring denna växte så småningom tälthangarer, en kombinerad expeditions-, förråds- och verkstadsbyggnad upp.

1 januari 1916 ändrades namnet till Fälttelegrafkårens flygkompani och i Ing 3 kårorder den 6 juni 1916 stadgades:

Hädanefter skall benämningen flygplan användas i stället för flygmaskin eller aeroplan

För att sköta detta unika kompani, som ansvarade för de olika flygmaterielslagens utveckling, anskaffning och under- håll, utbildnings- och personalfrågor, fanns till en början bara en blygsam administration.
Ernst Fogman, som var chef från 1 april 1917 till 1 november 1920, lyckades dock trots det kärva ekonomiska läget skapa de resurser som behövdes i fråga om flygmateriel, byggnader och verkstadskapacitet. När han 1920 överlämnade flygkompaniet till Gösta von Porat var det som ett flygvapen i miniatyr med snart sagt alla de tjänstegrenar som finns ett fullvuxet flygvapen.

När Tredje flygkåren sedan bildades 1926 hade förbandet redan varit ett krigsorganiserat förband för samverkan med armén. Kåren blev därför från begynnelsen ett förband för armésamverkan och övertog huvuddelen av flygplanen på Flygkompaniet.

Inledningsvis omfattade förbandet två jakt- och tre spaningsdivisioner samt depå och Flygvapnets jaktskola, som 1932 överfördes till Första Flygkåren i Västerås.
En arméspaningskurs, som var gemensam för hela Flygvapnet, genomfördes också varje år. Under de första åren utbildades även i sjöflygning, då det armésamverkande flyget inte alltid kunde räkna med att disponera flygfält.

Kungl. Östgöta flygflottilj, F 3, som flottiljen döptes till 1936-07-01, bestod från början av tre divisioner för armé- samverkan. Två av dessa ingick 1939-09-05 – 10-15 i 1. Flygeskadern. I mars 1940 tillfördes en fjärrspaningsgrupp som senare under året utökades till en division och ingick i den nya flygeskadern som sattes upp och baserade på Torslanda 1940-07-10 – 08-28. Flygfotografering och artillerieldledning utvecklades och samverkan skedde med Meteorologiska Centralinstitutet avseende vädertjänst.

1948 ombeväpnades flottiljen till jaktflottilj och överfördes till 3. Flygeskadern (E 3)
och flottiljens första jaktflygplan blev J 22 som följdes av J 29 och J 35.

1967-07-01 tillfördes en Målflygdivision med J 29C och J 29F och 1970 fick man
också ett antal Sk 60.

1968 placerades Flygvapnets Bomb- och skjutskola, FBS, på F 3 och var kvar här till 1982.

1971 överfördes en målflygrupp J 32 B från F 15 Söderhamn till F3 och 1972
påbörjades modifieringen av J 32 B till 32 E och 32 D för Målflygdivisionen.

1973-04-01 överfördes den sista jaktdivisionen J 35F till F 17 i Ronneby, och samma år flyttades Transportflyg- divisionen på F 8 över till Malmen med Tp 85 Caravelle, Tp 52 Canberra, Tp 79 DC-3 och Tp 83 Pembroke.

1974-06-30 upphörde flottiljen, men Målflyg- och Transportflygdivisionen levde kvar som detachementet F 13 M och efter nedläggningen av F 13 1994, F 16 M.
Flottiljen hade inget officiellt valspråk men använde ofta Carl Cederströms ”Vilja – våga – vinna” Anropssignalen var Cesar (C) som också användes av Målflyg- och Transportflygdivisionen

1985-07-01 återkom armén till Malmen med Östgöta arméflygbataljon (AF 2) som på 1990 talet ombildades till Östgöta helikopterbataljon (4. Hkpbat).

1997-07-01 avvecklades Målflygdivisionen men Transportflygdivisionen finns kvar som Specialflyg med flygplan Tp 100, SAAB 340 och Tp 102,Gulfstream G 4.

1998 samlades samtliga helikopterförband ur Armén, Marinen och Flygvapnet till en organisation, Försvarsmaktens Helikopterflottilj, som fr.o.m. 2003 ingår som en flottilj i Flygvapnet.

2001 beslutade Riksdagen att Flygskolan skulle flytta till Malmen och 2003-07-01 startade flygutbildningen med 8 elever, nästan på dagen 90 år efter den första militära flygskolan 1913.